Potret Spesies Cecak Baru C. pecelmadiun dari Jawa Timur

C. pecelmadiun berkerabat dekat dengan C. Petanidengan jarak genetik 0,1–1,6%. Spesies ini menjadi bukti kedua keberadaannya di Jawa setelah C. Petani.

Secara keseluruhan, Cyrtodactylus di Jawa terbagi dalam dua kelompok besar, yaitu grup darmandvillei dan marmoratus, yang keduanya merupakan kompleks spesies.